2018年7月，省检察院与省水利厅、省河长办联合出台了《关于协同推进水环境水生态水资源保护工作机制的意见》，全省各级检察机关与河长办及水利部门积极沟通协作，在实践中探索了“河（湖）长+检察长”的系列协作措施。2021年以来，为深入落实河（湖）长制，加强全省检察机关与各级河（湖）长制工作机构的协作配合，提升河湖保护法治化、现代化水平，结合最高人民检察院对各省检察机关推动建立“河（湖）长+检察长”工作机制有关要求，省检察院、省河长办起草了《关于全面推行“河（湖）长+检察长”协作机制的意见》，经省河长制领导小组领导同意后于2022年3月印发，云南省河湖生态检察保护模式正式升级。

《关于全面推行“河（湖）长+检察长”协作机制的意见》以全省境内六大水系、牛栏江、赤水河（云南段）、九大高原湖泊为重点，覆盖全省设立河长（湖长）责任制的江河湖库实施范围，在省河长制领导小组的统一领导下，通过各项措施的落实，以加强水资源保护、河湖水域岸线管理保护、水污染防治、水环境治理、水生态修复、执法监管等为主要任务，全面落实河（湖）长在河湖管理保护中的领导责任和检察长在服务保障河湖管理保护方面的法律监督责任，探索河湖生态共建共治管理机制，共同推动河湖生态保护工作取得新进展。

《关于全面推行“河（湖）长+检察长”协作机制的意见》共分总体要求、工作机制和组织保障3个部分，明确了“河（湖）长+检察长”协作机制的职能定位、主要任务、主要目的、主要内容；建立了协同领导机制、办案协作机制、联合工作机制和信息共享机制等4个方面的工作机制；强化组织领导、注重跟踪问效、推进责任考核、提升队伍素质，全面保障协作机制顺利有效实施。